一、基本案情：
（一）2004年 1、经对企业往来帐进行检查，发现企业转供蒸汽收入77799.02元(含税价)，未申报纳税。 2、经检查，发现企业有废料收入2789.00元(含税价)，未申报纳税。 3、本年度，企业发生非生产领用原材料18699.29元，该部分产品中原材料和包装物耗用进项税额3178.88元，企业未做账务处理，未申报纳税。（二）2005年 1、经对企业往来帐进行检查，发现企业转供蒸汽收入558447.50元(含税价)，未申报纳税。 2、经检查，发现企业有废料收入12589.70元(含税价)，未申报纳税。 3、本年度，企业发生非生产领用原材料7021.19元，该部分产品中原材料和包装物耗用进项税额1193.60元，企业未做账务处理，未申报纳税。 4、该公司出售中药材取得收入273078.19元（含税价)，未申报纳税。（三）2006年 1、经对企业往来帐进行检查，发现企业转供蒸汽收入146617.00元(含税价)，未申报纳税。 2、经检查，发现企业有废料收入2595.20元(含税价)，未申报纳税。 3、本年度，企业发生非生产领用原材料2288.21元，该部分产品中原材料和包装物耗用进项税额389.00元，企业未做账务处理，未申报纳税。 4、截止2006年底，该公司库存商品帐面余额为12401246.83元，其中发出商品1189630.65元，毁损存货11211616.18元。（1）发出商品按该公司2006年12月份的综合成本利润率7.17%计算，应调增应税收入1189630.65*（1+7.17%）=1274927.17元，应调增销项税1274927.17*17%=216737.62元。（2）该公司2004年至2006年产成品生产成本合计为43583103.08元，其中中药材消耗为4436356.44元，占成本比例的10%，税率为13%，应作进项转出145751.01元；化工原料消耗为11331606.42元，占成本比例的26%，税率为17%，应作进项转出495553.44元；包装物消耗为10458120.90元，占成本比例的24%，税率为17%，应作进项转出457433.94元。合计共应作进项税转出1098738.39元。
二、处理情况：
法规依据： （一）2004年 1、转供蒸汽收入77799.02元未申报纳税，根据《中华人民共和国增值税暂行条例》《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》，应调增应税收入77799.02/（1+13%）=68848.69元，应补增值税68848.69*13%=8950.33元。 2、废料收入2789.00元(含税价)，未申报纳税，根据有关规定，工业企业销售的废品收入，均应并入产品销售额中，依产品适用的税率计算纳税，应调增增值税应税收入2789.00/1.17=2383.76元，调增销项税额2383.76*17％=405.24元。 3、根据《增值税暂行条例》规定，转出进项税金3178.88元。以上三项共调增2004年增值税12534.45元。（二）2005年 1、转供蒸汽收入558447.50元未申报纳税，根据《中华人民共和国增值税暂行条例》，《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》，应调增应税收入558447.50/（1+13%）=494201.33元，应补增值税494201.33*13%=64246.17元。 2、废料收入12589.70元(含税价)，未申报纳税，应调增增值税应税收入12589.70/1.17=10760.43元，调增销项税额10760.43*17％=1829.27元。 3、根据《增值税暂行条例》规定，应转出进项税金1193.60元。 4、将库存未加工中药材出售取得货款273078.19元未申报纳税，根据《中华人民共和国增值税暂行条例》规定，应调增应税收入273078.19/（1+13%）=241662.12元，应补增值税241662.12*13%=31416.07元。 以上四项共计调增2005年增值税98685.12元。（三）2006年 1、转供蒸汽收入146617.00元未申报纳税，根据《中华人民共和国增值税暂行条例》，《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》规定，应调增应税收入146617.00/（1+13%）=129749.56元，应补增值税129749.56*13%=16867.44元。 2、废料收入2595.20元(含税价)，未申报纳税，根据相关规定，应调增增值税应税收入2595.20/1.17=2218.12元，调增销项税额2218.12*17％=377.08元。 3、根据《增值税暂行条例》规定，转出进项税金389.00元。 4、（1）发出商品1189630.65元，根据《增值税暂行条例实施细则》规定，按该公司2006年12月份的综合成本利润率7.17%计算，应调增应税收入1189630.65*（1+7.17%）=1274927.17元，应调增销项税1274927.17*17%=216737.62元。 （2）该公司2004年至2006年产成品生产成本合计为43583103.08元，其中中药材消耗为4436356.44元，占成本比例的10%，税率为13%，应作进项转出145751.01元；化工原料消耗为11331606.42元，占成本比例的26%，税率为17%，应作进项转出495553.44元；包装物消耗为10458120.90元，占成本比例的24%，税率为17%，应作进项转出457433.94元。合计共应作进项税转出1098738.39元。 以上四项共计调增2006年增值税1333109.53元。 处 理 意 见： 1. 2004年查补增值税12534.45元，应及时补缴入库；根据《征管法》规定，对该企业涉税违法行为处以罚款12534.45元。 2. 2005年查补增值税98685.12元，应及时补缴入库；根据《征管法》规定，对该企业涉税违法行为处以罚款98685.12元。 3. 2006年查补增值税1333109.53元，应及时补缴入库；根据《征管法》规定，对该企业上述1-3款及第4款第一项涉税违法行为处以罚款234371.14元，对第4款第二项的违法行为处以行为罚款1000.00元。以上三年（2004-2006年度）共计查补增值税1444329.10元，根据《征管法》规定，对该企业处以涉税罚款345590.71元，行为罚款1000.00元。
